ในโลกถึงคราวหายนะที่ถูกยึดครองโดย แมชชีน ไลฟ์ฟอร์ม จากฝีมือของมนุษย์ต่างดาว มนุษยชาติกำลังเตรียมพร้อมสำหรับการยืนหยัดครั้งสุดท้าย เมื่อถูกบีบให้ล่าถอยไปยังดวงจันทร์เพื่อความปลอดภัย มนุษย์จึงฝากความหวังไว้ที่กลุ่มหุ่นยนต์ที่มนุษย์สร้างขึ้นซึ่งรู้จักกันในชื่อทหารโยรฮา นำโดยหุ่นยนต์ต่อสู้เอนกประสงค์ YoRHa 2-gou B-gata “2B” กลุ่มนี้จะต่อสู้เพื่อแย่งชิงโลกคืนจากผู้รุกราน

ในขณะที่สงครามกับเครื่องจักรกำลังดำเนินไป โยรฮา ค่อยๆ เริ่มเห็นความจริงชิ้นแรกที่อยู่เบื้องหลังความขัดแย้งอันโหดร้าย เมื่อเผชิญกับความจริงอันโหดร้ายที่อยู่ตรงหน้าเธอ 2B นักรบผู้ไม่เปลี่ยนแปลงเริ่มตั้งคำถามถึงการมีอยู่ของเธอและเธอต้องเสียสละมากแค่ไหนเพื่อมนุษยชาติ

แหล่งที่มา : NieR:Automata Ver1.1a